Originaire de l'île de Sao Miguel, une des neufs îles des Açores.
Cette île a été découverte en 1427, la colonisation des Açores a entraîné l'installation de population diverses, lesquelles importèrent tour à tour leurs propres chiens. Le croisement des races donnèrent naissance au Fila de San Miguel ainsi qu'au Chien de Terceira ( disparu dans les années 40).
Le Fila de San Miguel descend du Fila de Terceira aujourd'hui disparu.
Les troupeaux étant en liberté on fit appel au bouvier qu'est le Fila de Sao Miguel.
La race se développe sur l'île de Sao Miguel, on l'appelle aussi Açores Cattle Dog ( Bouvier des Açores).
C'est dans les années 80 que des juges, lors d'expositions canines, découvrent le Fila de Sao Miguel.
Leur intérêt et leur curiosité les amenèrent à constater l'homogénéité existant dans la race, dans les diverses localités de l'île et s'est ainsi que le projet de standard fut établi.
Le standard officiel du Fila de Sao Miguel fut approuvé en décembre 1984 par CPC au Portugal.
Depuis des éleveurs se sont intéressés à cette nouvelle race , sélectionnant des sujets pour conserver un type bien particulier.
En 1995 la FCI reconnaît la race au titre international à titre provisoire pendant 10 ans.
En 2008 la FCI reconnaît officiellement la race.